Em 1998, Maguito Vilela (MDB) concorreu a uma cadeira do senado representando Goiás. Com votação expressiva de 68%, equivalentes, à época, a 1.261.950 votos, Maguito, com a coligação Goiás Rumo ao Futuro, garantiu o mandato de oito anos. Primeiramente acompanhou Iris Rezende (MDB) e Mauro Miranda (MDB), entre 1999 e 2003. Posteriormente, no pleito de 2002, Maguito ganhou como colegas, Demóstenes Torres (PFL) e Lúcia Vânia (PSDB), para o mandato de 2003 a 2007.
No primeiro ano no Senado, Maguito apresentou, juntamente com Eduardo Suplicy (PT), uma proposta que visava a diminuição do mandato de senador de oito para quatro anos. No ano seguinte, o então senador pediu aprovação em modificações da Lei Pelé, quando se posicionou contra a obrigatoriedade de todo clube de futebol se tornar uma empresa.
Nas eleições de 2002, Maguito disputou o pleito para o governo de Goiás contra Marconi Perillo (PSDB), que disputava a reeleição. Perdeu no primeiro turno, com apenas 32,79% dos votos.
De volta ao Senado, Maguito Vilela foi a favor de reformas políticas, defendeu e cobrou apoio para o programa fome zero, anunciou a aprovação do projeto que nomeou de Cora Coralina, o arquivo do senado e pregou união do Centro-Oeste para a construção da Ferrovia Norte-Sul. Além disso, na ciência, apoiou o uso de células-tronco para fins terapêuticos.
Em 2006, ainda disputou as eleições para o governo de Goiás, mas foi novamente derrotado, dessa vez por Alcides Rodrigues (PP), que teve 57,14% dos votos, enquanto Maguito teve 42,86% da votação.
Maguito se despediu do senado após oito anos de muita atividade e em seu discurso final afirmou sentir que o dever estava cumprido e que lutou dentro do limite de suas forças enquanto lá esteve. O senador ainda declarou que andou pelo país e que viu a fome, a falta de emprego, a miséria absoluta e que isso só serviu para reforçar suas convicções. “[…] é preciso, sim, socorrer quem passa fome, e não apenas com medidas estruturantes, mas com medidas de emergência, porque a fome não espera. Ela mata.”
